Musim ini menyaksikan penstrukturan semula format oleh Persatuan Bola Sepak Malaysia. Pada 19 Disember 2018, FAM telah mengumumkan perubahan format tersebut dalam satu sidang media selepas mesyuarat Jawatankuasa Pertandingan Tempatan FAM[1].

Piala FAM telah kembali ke format kalah-mati (format sebelum tahun 2008) daripada format liga yang telah digunakan sejak tahun 2008 dan tidak lagi menjadi liga divisyen 3. 64 pasukan akan bertanding dalam Piala FAM termasuk iaitu kesemua pasukan yang bertanding di dalam Liga M3 yang akan dijadikan liga divisyen 3 yang baru dan dikelolakan sepenuhnya oleh Malaysia Football League (MFL), pasukan-pasukan dari liga-liga M4 pada musim yang sama dimana kaedah penentuan pasukan ditentukan oleh MFL dan selebihnya pasukan-pasukan yang akan dicadangkan oleh ahli-ahli gabungan FAM[1].